سرانجام با لشکرکشی آغامحمدخان به شیراز، با نوعی حیله جنگی لطفعلی خان شکست خورد و به کرمان گریخت. آغامحمدخان در سال ۱۲۰۶ هجری قمری در عمارت کلاه فرنگی شیراز به تخت نشست. طی دو سال بعد میان این دو رهبر نبردهای پراکنده یی رخ داد تا لطفعلی خان سرانجام در ۱۲۰۸ بر کرمان مسلط شد. این خبر آغامحمدخان را برانگیخت که کار وی را یکسره کند. لذا در تابستان همان سال وی با لشکری مجهز به کرمان حمله برد و با شکست لطفعلی خان کرمان را تسخیرکرد و به کشتار و قتل عام مردم آن دیار پرداخت. بسیاری از مردم را کور کرد و عده زیادی را به طرز فجیعی به قتل رساند. گفته اند او دستور داد تپه یی از چشمان مردم بسازند.
عده ای ، تعداد کورشده‌ها را ۲۰ هزار و بعضی دیگر۷۰ هزار نفر ذکر کرده اند. او سربازانش را آزاد گذاشت که هر بلایی می خواهند بر سر مردم درآورند. لطفعلی خان نیز که به بم گریخته بود توسط حاکم آنجا دستگیر و تسلیم آغامحمدخان شد. به دستور وی ابتدا لطفعلی خان را کور کرده و سپس به طرز فجیعی به قتل رساندند. بدین سان سلسله زندیه به نقطه پایان خود رسید و سلسله دیگری از پادشاهی در ایران آغاز شد که قاجاریه نام داشت و در دوران آنان مردم ایران مصیبت‌های بی شمار دیگری را تحمل کردند تا به عصر بیداری مشروطه رسیدند.[۱]
انتقال مرکز حکومت به تهران و حمله به گرجستان
او پس از قتح کامل جنوب ایران در واقع مقر حکم رانی خویش را در تهران نهاد (آن را دارالخلافه نامید) در حالیکه پایتخت وی هنوز ساری بود؛ والی گرجستان به پشتوانه هم کیشی با روسها اعلام استقلال نمود بنا براین آقا محمد خان در آپریل 1795 (فروردین 1174) برای آراگلی خان نامه ای ارسال و اشتباهات گرجیها در طی هشتاد سال گذشته را یاد آوری نمود و اعلام کرد در صورتی که والی گرجستان روابط خود را با روس‌ها قطع و از ایران اطاعت کامل نکند ، به آنجا لشکر کشی خواهد نمود ولی آراگلی خان جواب نامه را نداد و خود را برای حمله با آقا محمد خان مجهز نمود . آقا محمد خان به گرجستان لشکر کشی کرد و با وجود رشادت گرجی‌ها ، آقا محمد خان در این نبرد پیروز میدان شد و آراگلی خان به تفلیس فرار کرد و آقا محمد خان قاجار برای یافتن او به تفلیس لشکر کشید . آراگلی خان همراه خانواده و بستگانش از تفلیس فرار کردند و به گرجستان غربی گریختن و آقا محمد خان تفلیس را فتح نمود .آقا محمد خان قاجار فاجعه کرمان را در تفلیس اجرا کرد و دستور به قتل و تاراج مردم داد . عده زیادی از روحانیون را در رود کورا غرق کردند و پنج هزار نفر از گرجیها را اسیر و شهر را ویران نمودند . آقا محمد خان پس از غارت مهمات و ذخایر جنگی آراگلیخان ، از شهر خارج شد تا به دنبال آراگلیخان برود ولی با دریافت خبر طغیان اهالی شیروان که مصطفی خان دولو نماینده آقا محمد خان قاجار را به قتل رسانده بودند ، به دشت مغان بازگشت . حاکم شیروان با آقا محمد خان پیمان دوستی و اطاعت داد و آقا محمد خان از تنبیه آنان صرف نظر نمود و با پانزده هزار تن از دختران و حتی پسران شهر که آنان را به اسارت گرفته بود به تهران بازگشت. اینان برای سواستفاده جنسی و نیز برای بردگی به ثروتمندان فروخته شدند.
آقا محمد خان قاجار در سال 1174 هجری شمسی (1795 میلادی ) ، در تهران تاجگذاری کرد .
رویکرد به خراسان و ماورای نهر و براندازی افشاریان
بعد از آن به خراسان لشکر کشید و شاهرخ، پسر نادر را که کور و پیر بود به همراه همه درباریانش به قتل رسانید تا انتقام کشتن فتحعلی‌خان را بگیرد. خان قاجار برای افشای محل جواهراتی که نادر از هند آورده بود شاهرخ را به حدی شکنجه کرد که وی در زیر این شکنجه‌ها جان سپرد. آقامحمدخان پس از کشف محل جواهرات نادر، آنان را روی سفره گسترد و از شدت عشق به طلا و جواهر، بر آنان غلتید. و سپس لشکرکشی به بخارا را قصد نمود که خبردار شد از جانب روس‌ها دیگر خطری نیست. برای همین حاکمان طرفدار روس آن دیار را سرکوب کرد و مرو را آزاد کرد و ازبکان را وادار به عقب نشینی نمود و بخارا را تحت الحمایه دولت ایران قرار داد و چون مردم آن دیار با وی مخالفتی نداشتند به آنان آزاری نرساند و پس از آن به دستور وی گروهی را به منظور تعقیب نادرقلی شاهرخ اقشار به هرات فرستاد و پس از آن تا کابل پیش رفتند ولی نادرقلی در کوه‌های هیمالیا در افغانستان مکان خود را تغییر می‌داد. سرانجام از تعقیب وی دست برداشتند و بلخ را از حاکم کابل به بهای ۵۰۰ هزار سکه طلا خریداری نمودند؛ این کار آقا محمد خان چندین هدف را دنبال می‌کرد که مهم‌ترین و دراز مدت‌ترین آنها جلب حمایت حاکم کابل برای حمله به هندوستان بود و افغانستان را نیز تحت حمایت دولت ایران قرار داد و به ساری برگشت و در عمارت زمستانی خود واقع در پشت مسجد شاه غازی (که اکنون اثری از آن باقی نیست)، گنجینه‌های باقی‌مانده از دوران افشاریه - که نادر با خود از هند آورده بود و باعث ثروتمندی بسیاری از فرماندهان و نوادگان او شد - را پنهان کرد.
حمله روسیه به سواحل غربی دریای خزر
در شهریور 1175 (سپتامبر 1796 میلادی) ، سپاه روس به فرماندهی ژنرال کنت والرین زبوف ، به نیروهای ژنرال گردویچ که قبلا به دربند اعزام گردیده بود ، پیوست و قلعه‌های دربند ، باکو و تالش را تصرف نمود ه بر تمام سواحل غربی دریای خزر از مصب رود کر و اترک مسلط شد . سپس ژنرال زبوف از جلگه شیروان و از کنار ساحل ، وارد دشت مغان شد و از رود ارس گذشت . دسته دیگری از سپاهیان روس لنگران را اشغال کردند لذا آذربایجان و رشت مورد تهدید قرار گرفتند .خان قاجار برای سرکوب آنان عازم قفقاز شد اما هنوز به آنجا نرسیده بود که در 19 آبان 1175 (نهم نوامبر 1796) میلادی ، کاترین دوم تزار مقتدر روسیه در راستای اجرای وصیت نامه پطر کبیر نقشه‌های امپریالیسم و روسی داشت ، درگذشت و پس از او پول اول بر تخت حکومت نشست و با تغییر سیاست‌ها توسط او ، ارتش روسیه خاک‌های اشغال شده ایران و حتی گرجستان را ترک گفتند.


بازگشت به قره باغ و بدرود زندگی
آقامحمدخان که از خروج نیروهای روس از زمین‌های اشغالی سخت شادمان گردیده بود تصمیم گرفت که در قفقاز به تصرف شهر شوشا بپردازد که در حمله اول به دست وی نیفتاده بود.او دراسفند ۱۱۷۵ (مارس ۱۷۹۷ میلادی)دوباره عازم گرجستان شد و قلعه شورشی قره باغ را تصرف کرد . ابراهیم خان جوانشیر ، حاکم یاغی قره باغ فرار کرد و شاه قاجار آماده لشکرکشی به تفلیس شد ولی در حالی که از فتح شوشا در قراباغ آذربایجان ۳ روز می‌گذشت در بامداد ۲۱ ذی‌الحجه، ۱۲۱۱ هجری قمری (۱۷ ژوئن ۱۷۹۲ میلادی) بدست صادق نهاوندی و دو تن از همدستانش به قتل رسید و از آنجا که در آن زمان پیکر بزرگان را در عتبات عالیات بخاک می‌سپردند، وی را نیز به نجف اشرف بردند و در جوار آرامگاه امام اول شیعیان به خاک سپاردند.
هم امپراطریس روس کاترین دوم و هم آقا محمد خان قاجار، هر دو از دنیا رفتند. پُل اول پسر کاترین٬ امپراطور روسیه شد و قشون روس را احضار کرد و گرجستان را رها نمود که خود با دولت ایران کنار بیاید.
درباره آغا محمدخان
برخی بر این باورند که وی به چند زبان زنده دنیا آشنایی داشت و به ترکی فارسی عربی تسلط کامل داشت و فرانسوی و روسی را توسط بازرگانان فرانسه و روسیه آموخت؛ وی فردی متعصب و خشک مذهب بود و با روحانیون دینی به نیکی رفتار می‌کرد. شبها علیرغم خستگی و کار زیاد نماز شبش فراموش نمی‌شد علی رغم اخته بودن در حرمسرای وی زنهای زیادی بودند و نام برجسته‌ترین آن‌ها مریم خانم و گلبانو خانم بود. همچنین علاقه فراوانی به گنج و ثروت داشت ؛ وی در ۱۷ سالگی پدر خویش را از دست داد و پس از آن در شیراز با محدودیت فراوانی روبرو بود.در سال 1161 خورشیدی اقا محمد خان که افراد ایل قاجار بود با از میان بردن حکومت جانشینان کریم خان زند به حکومت رسید.حاکمان او تهران را پایتخت خود انتخاب کرد. اغا محمد خان مردی تند خو و خشن بود که با لشکر کشی‌های متعدد توانست ایران را یکپارچه سازدحاکمان اردلان درکردستان ازحامیان به قدرت رسیدن اغامحمدخان بودند.سر انجام او وقتی که می خواست سپاه روسیه را از قلمرو ایران دو ر سازد به دست خدمت کارانش به قتل رسید. بعد از او فتحعلی شاه به حکومت رسید.
حکایاتی از بی‌عدالتی‌های آغامحمدخان
کشف یک کودتا
روزی اندکی بعد از تاجگذاری، آغا محمد خان قاجار آماده می‌شد که با فتحعلی خان از سربازان مازندرانی سان ببیند... ناگهان یکی از افسران حاضر، در برابر شاه تعظیم بلندی کرد ... و مدتی در گوشی با وی صحبت داشت...
پس از چند لحظه آغا محمد خان اظهار درد کرد و رنگ پریدگی مرده وار سیمایش مویّد اظهارش بود. یکی از وزیران را به مرخص کردن سربازان برگماشت زیرا که حال سان دیدن نداشت.
همین که مجلس خالی شد، تغییر حالت داد ولیعهد و نزدیکان حاضر را روانه اتاقهای دیگر کرد و فرمانده قره چوخاها را خواست و دو ساعت تمام با وی گفتگو کرد... در آن میان افسرانی را برای بازجویی به درون تالار می‌آوردند فتحعلی خان در دیوانخانه مجاور منتظر دستورهای عموی خود بود. سرانجام برادر زاده را نزد خود خواند و گفت: افسری که زیر گوشی با من صحبت می‌کرد یکی از رفیقان خود را متهم می‌کرد که قصد دارد شاه را بکشد...من هم در این دو ساعت بازجویی دقیق کردم تا معلوم شد که مدعی با افسر متهم دشمنی شخصی داشته و اتهام را سراپا از خود ساخته‌است... حالا پسر جان تو که روزی به پادشاهی خواهی رسید بگو ببینم به عقیده تو چه باید کرد؟ جوانک با شور ساده لوحانه‌ای گفت: باید مفتری را تنبیه کرد و کسی را که به او بهتان بسته‌اند، پاداش داد.
آغامحمدخان گفت: به این ترتیب تو دستوری می‌دادی که از نظر عدالت انسانی معقول و منطقی بود ولی فرمانی نبود که در شان پادشاه باشد. باز هم برو بیرون و منتظر دستور من باش...
ساعتی بعد فتحعلی خان را به تالاری که شاه در آنجا بود خواندند. وی چیزی در آنا دید که از نفرت و وحشت خون در رگهایش بند آمد...نعش چند افسر را در آنجا دید و در آن میان، مفتری، متهم و همه کسانی را که به عنوان گواه بازپرسی شده بودند، بازشناخت. شاه گفت من دچار اشتباه شدم که دو طرف را رویاروی کردم. روی انگونه چیزها نباید بحث شود، زیرا که شایسته نیست در میان اطرافیان شاه ...کسانی آمد و شد داشته باشند که امکان شاه کشی به گوششان خورده‌است... من برای جبران اشتباهی که کردم چاره‌ای نداشتم جز آنکه بدهم همه کسانی را که به هر عنوان، پایشان به این قضیه کشانیده شده بود، خفه کنند!!! (به نقل از کتاب آقا محمد خان قاجار اثر امینه پاکروان)